艾因葛朗特死亡游戏篇（本篇第 1 部）
2022 年，拥有完全潜行技术的 VRMMORPG《刀剑神域》正式上线，约一万名玩家登入游戏。
不久，开发者茅场晶彦以系统主宰者身份宣告：任何人无法登出，游戏中死亡则现实大脑会被 NerveGear 杀死。
黑衣少年玩家 桐人／桐谷和人 曾参加 SAO 封闭测试，对系统极为熟悉。
在死亡游戏开局的混乱中，他选择以「独行攻略玩家」身份向上推进，试图尽早打通 100 层浮空城，拯救所有玩家。
在一层首次攻略会议上，他结识了刚刚踏入 VR 世界的天才少女 亚丝娜／结城明日奈。
两人先是互相较劲的临时搭档，随后经历公会悲剧、阴谋与背叛，最终在艾因葛朗特最前线并肩作战，发展出深厚的羁绊。
死亡游戏持续两年，约有四千名玩家死亡。
最终桐人看穿公会「血盟骑士团」团长正是茅场化身「希兹克利夫」，在最后决战中击败他，使 SAO 提前在 75 层通关，生还者被强制登出。
Progressive 版本：层层推进的艾因葛朗特
外传系列 《刀剑神域 Progressive》 重新从一层开始，按楼层顺序细致描写艾因葛朗特攻略。
视角大多放在亚丝娜身上，更加聚焦「仍在适应 VR 世界的优秀少女」如何逐渐化身为「闪光」的过程。
在这里可以看到各层细致的迷宫构造、玩家派系斗争与内心矛盾。
也补足了桐人与亚丝娜如何一步步成为最佳搭档、以及对「煽动 PK 集团」等阴谋的正面描写。
妖精之舞篇（ALO 篇，本篇第 2 部）
SAO 被桐人通关两个月后，绝大多数玩家回到现实。
但亚丝娜却仍旧躺在医院中昏迷不醒，包括她在内的三百名 SAO 生还者的意识仍被囚禁。
某天，桐人在新 VR 游戏《妖精之舞在线》中看到一张截图：高塔笼子里的女子与亚丝娜如出一辙。
为了确认真相，他以「精灵剑士」身份登入 ALO，在妹妹 莉法／桐谷直叶（游戏内为风精灵剑士）的陪同下，向世界树顶端进发。
现实中，电子大企业「莱克特」的员工须乡伸之企图利用亚丝娜等人的意识，进行记忆和人格操控实验，并逼迫她与自己结婚。
虚拟与现实两条线在世界树之巅重合，桐人最终摧毁实验，解救亚丝娜等人，使 SAO 幸存者真正回到现实生活。
幻影子弹篇（GGO 篇，本篇第 3 部）
时间来到 2025 年冬，桐人已习惯以「问题解决专员」身份协助政府处理 VR 相关事件。
总务省官员菊冈诚二郎邀请他调查一件离奇事件：在射击 VRMMO《枪击游戏在线》中，有玩家被神秘人物「死亡枪」在游戏里射击后，现实世界中也接连死亡。
为追查真相，桐人被说服登入 GGO 并参加最强枪手大赛「子弹之战（BoB）」。
在那里，他结识了过去曾因枪支创伤而患上 PTSD 的少女 诗乃／朝田诗乃，她想利用 GGO 来克服心理阴影。
在 BoB 决赛中，桐人识破死亡枪的手法：现实中使用同伙潜入玩家房间实施杀人，同时在游戏中作为「演出」。
事件背后又牵出 SAO 杀人公会「微笑棺木」残党，其中包括残酷而危险的「瓦沙克·卡萨鲁斯 / PoH」。
圣剑篇与母亲玫瑰篇（ALO 外传）
在 ALO 的生活篇中，主角团也会去做看似「日常却并不安定」的冒险。
代表性的两条支线是「圣剑篇」与「母亲玫瑰篇」。
圣剑篇（Calibur）
某日新闻爆出被视为传说的神器「圣剑·Excalibur」在世界北方深层区域「约顿海姆」出现。
为避免世界遭到毁灭，桐人一行人组成大队深入冰雪世界，与巨人族与水母邪神战斗，展开一场既搞笑又紧张的圣剑争夺战。
母亲玫瑰篇（Mother’s Rosario）
时间来到 2026 年初，在 ALO 中出现一位拥有超强剑技的神秘玩家「绝剑」——即 有纪／绀野木绵季。
亚丝娜败给她后受邀加入小公会「沉睡骑士」，一起挑战高难度 Boss，为的是留下一个公会成员们的「名字」刻在纪念碑上。
沉睡骑士的成员全是重症患者，他们通过 Medicuboid 在虚拟世界享受短暂的自由。
亚丝娜与有纪的友情故事极具泪点，也让亚丝娜重新审视自己与母亲 结城京子 的关系。
剧场版：序列之争（Ordinal Scale）
2026 年春，新型 AR 设备 Augma 以及其专属游戏《序列之争》在世界范围内爆红。
玩家戴上 Augma，现实街道就会化为怪物战场，大家边运动边升级排名，仿佛真正的「现实 AR 游戏」。
桐人的伙伴们都玩得不亦乐乎，只有桐人本人对 AR 没什么兴趣。
直到他在战斗中发现：序列之争中的 Boss 怪正是当年 SAO 的楼层守护者，而且战斗场所特意选在 SAO 生还者常聚集的地方。
随着调查深入，他们发觉 Augma 在悄悄夺取 SAO 生还者的战斗记忆，用于复活已逝偶像 重村悠那 的数据人格。
最终，桐人和伙伴们在现实与虚拟交叠的场景中奋战，阻止了大规模记忆剥夺与精神事故的发生。
爱丽丝化篇（Alicization，人界篇）
GGO 事件半年后，菊冈邀请桐人担任秘密实验的潜行测试员。
桐人意识在 STL 中登入了一个神秘的剑与魔法世界——「幽界（Underworld）」，世界中居民看似 NPC，但思维与真实人类无异。
桐人在幽界被当作普通村民抚养长大，成为与 尤吉欧·辛赛西斯·萨提滋／尤吉欧 与 爱丽丝·滋贝鲁库 的青梅竹马。
后来因「禁忌目录」事件，爱丽丝被带往中央神殿，尤吉欧与桐人决定一起成为整合骑士，前往中心「中央大教堂」将她夺回。
现实世界中，桐人在咖啡馆遭死亡枪残党袭击而昏迷，被秘密转移到海上设施「海龟」继续在幽界潜行。
幽界的「人界」其实是拉斯为了培养高适应 AI 而利用人工 Fluct Light 创建的长期模拟文明。
桐人与尤吉欧一路与整合骑士战斗，逐步击破掌控幽界的最高祭司 亚多米尼史特蕾达 的真相——她是早年唯一存活并掌握系统权限的人界支配者。
最终在惨烈的战斗中，尤吉欧牺牲，桐人精神受到严重损伤陷入「灵魂瘫痪」。
幽界大战篇（Alicization 大战篇）
在幽界上空，「人界」与边界另一侧「暗黑界」的全面战争一触即发，这是拉斯安排的「最终负荷实验」。
目的在于观察 AI 在极端压力下是否能突破道德与思维极限，进而诞生真正意义上的「自律存在」。
精神瘫痪的桐人由爱丽丝·辛赛西斯·萨提／爱丽丝·滋贝鲁库带回故乡村落静养，两人过了一段近似「疗养乡村生活」的时光。
然而暗黑界大军开始进攻，人界被迫集结残存整合骑士与军队迎战。
现实中，海龟遭神秘武装势力突袭，占领上层设施并企图窃取幽界与 AI 数据。
亚丝娜通过 STL 以系统神「创世神史提西亚」身份登入幽界，落到战场上，瞬间改变战局。
敌方领袖 加布里埃尔·米勒 以「暗之皇帝贝克特」身份进入幽界，目标是将爱丽丝的 Fluct Light 作为终极战利品带走。
更糟糕的是，他的手下 瓦沙克·卡萨鲁斯 / PoH 也潜行进入，操控大批外国 VR 玩家当成「人海消耗品」。
在游戏内外众人努力下，包括莉法、诗乃等也以女神姿态登入战场，还有成群日本 VR 玩家响应号召加入战斗。
最终，桐人从灵魂瘫痪中苏醒，以压倒性心意之力击败 PoH 与加布里埃尔，幽界得以存续，爱丽丝也被带回现实世界，拥有实体机器人身体「二号机」。
月之摇篮篇（Moon Cradle）
大战结束后，幽界迎来人界与暗黑界共存的脆弱和平时代。
桐人留在幽界了一段「被抹消记忆」的时间，在这段时间里，他帮助建立了新的统一机构，并推广现实世界技术以减轻冲突。
在某起罕见的谋杀案后，桐人携带见习整合骑士 罗妮耶·阿拉贝鲁·萨提斯里／罗妮耶·阿拉贝鲁 调查真相。
这个篇章节奏更像长篇推理／政治剧，重点是幽界社会如何从「被神统治」走向自我治理。
统一之环篇（Unital Ring）
幽界事件结束后约一个半月，桐人与亚丝娜和实体化的爱丽丝在 ALO 小木屋悠闲生活。
某天，所有正在使用「种子系 VR 世界」的玩家突然被强制登出又立刻「统一转换」到一个陌生的荒野世界——这就是统一之环。
所有道具与金钱清空，只保留经过系统折算后的能力倾向，整体玩法变成「高难度开放世界生存」。
系统公告宣告：当前世界中死亡者会被永远逐出游戏，无法再登入统一之环。
桐人、亚丝娜、爱丽丝试图在新世界重新搭建据点「拉斯纳里奥」并召集旧友，同时还得关注幽界中出现的神秘入侵者。
现实方面，他们也在尝试用统一之环的异常，追查幕后黑手与幽界「外环星界」的问题。